Eski Genelkurmay Başkanı Başbuğ, "Afrin, iç siyasete malzeme olmamalı" ifadesinin ardından önce Bahçeli'nin kısa bir süre sonra da Erdoğan'ın hedefi olmuştu. Bahçeli, "Kimi kastediyorsun? PKK'ya laf etmeyenler neyden gocunmuşlardır? Kuş ve böcek türlerinden mi bahsedelim?" derken Erdoğan da şu ifadeleri kullandı: "Bir Genelkurmay Başkanı'ndan, emekli de olsa, böyle bir açıklamayı duymak, bizler için büyük bir talihsizliktir. Bir defa, siyasete alet edildiğini söylemek onun haddine mi? Afrin'i siyasete malzeme edenler Başbuğ'un yanındakiler. Yazıklar olsun, gerekli cevabı alacak."
Bu ifadelerin ardından İlker Başbuğ, kendi internet sitesinden bir açıklama yayınlayarak cevap verdi. Eski Genelkurmay Başkanı, ifadelerinin yanlış anlaşılarak eleştirildiğini belirttti:
"50 yıl hizmet ettiğim Türk Ordusunun bir mensubu olarak almış olduğum eğitim ve devlet adamlığı kişiliğinin gereği olarak bugüne kadar yaptığım bütün konuşma ve değerlendirmelerde hiçbir zaman ne kişileri ne de siyasi partileri hedef alan bir sözüm olmamıştır.
Ancak, Sayın Devlet Bahçeli’nin grup toplantısında yaptığı konuşmada şahsımı hedef alan maksatlı ve yersiz ithamları karşısında bir açıklama yapma gereği hasıl olmuştur.
07 Şubat 2018 tarihinde şahsıma yöneltilen bir soru üzerine 'Afrin’de Mehmetçik çatışıyor, askerimiz çatışıyor, şehit oluyor. Asker çatışırken, şehit olurken siyasidir falan gibi söylemlerin tartışılma zamanları değil' şeklinde bir yanıtım olmuştur.
Zeytin Dalı Harekâtına ilişkin görüşlerim, düşüncelerim ve desteğim ortada iken, şahsıma yöneltilen değerlendirmeleri, yersiz ithamları ve üslubu kamuoyunun takdirine bırakıyorum.
Siyaset, elbette ülkenin güvenlik konularını, beka sorunlarını konuşmalı, değerlendirmelidir. Bunun aksi düşünülemez. Önemli olan, bir harekâtın ortasında ülkenin bütün unsurlarıyla bir bütünlük göstermesidir. Benim de her zaman altını çizmek istediğim husus budur.
Sayın Cumhurbaşkanı’nın da konuşma içeriğimle ilgili olarak tam ve doğru bilgilendirilmediğini düşündüğümü belirtmek isterim. Ancak, beyanlarında geçen “gerekli cevabı alacak” şeklindeki ifade ile bugüne kadar uğradığımız haksızlıklara yeni bir haksızlığın daha ilave edilebileceğinin kastedildiğini değerlendirmek istemiyorum."