Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'ın imzasıyla Resmi Gazete'de yayımlanan karara göre, kurucu vakfına kayyım atanan ve garantör üniversitesi tarafından yapılan denetimler sonucunda mevcut mal varlığıyla eğitim ve öğretim faaliyetlerini sürdüremeyeceği tespit edilen ve bu durumu Yükseköğretim Kurulunca onaylanan İstanbul Şehir Üniversitesi'nin faaliyet izni kaldırıldı.
AK Parti Genel Başkanı ve Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan, ''İstanbul'da bir Şehir Üniversitesi meselesi ortaya çıkardılar. Bu üniversitesinin bir ayağında bizim olduğumuzu, diğer ayağında malum zatın olduğu söyleniyor... Şehir Üniversitesi'nin tahsisini başbakanlığım döneminde ben yaptım. Tahsisini ben yaptığım halde malum zat başbakan olunca bunu mülkiyet devrine dönüştürdü. Bu yapılamaz. Türkiye'de hiçbir üniversiteye tapu devri yoktur, olmamıştır. Bunlar dürüstlüğü hiçkimseye bırakmıyorlar. Hani bunlar dürüstü. Bu mülkiyet devrini yaparken yanında Ali Babacan, Mehmet Şimşek, Feridun Bilgin var. Bitmedi; bunlar Halk Bankası'nı da dolandırmaya çalışıyorlar. Halk Bankası'ndan kredi talebinde bulunuyorlar. Halk Bankası ciddi bir kredi veriyor. Maalesef bunlar, ödeme planında Halk Bankası'na ödemeleri yapmıyorlar. Halk Bankası da kendilerini sürekli uyarıyor. Şu anda borçları 417 milyon noktasında'' ifadelerini kullanmıştı.
Şehir Üniversitesi de konuya ilişkin açıklama yapmıştı. Üniversiteden yapılan açıklamada şu ifadeler yer alıyordu:
"İstanbul Şehir Üniversitesi'ne Halkbank tarafından bankacılık mevzuatına uygun olarak kullandırılan yatırım kredisi, bütünüyle kampüs inşaatı için harcanmıştır.
İstanbul Şehir Üniversitesi'ne ilişkin gündeme getirilen ve üniversiteyi zan altında bırakan asılsız iddiaları üzülerek takip etmekteyiz. Üniversite'nin tüzel kişiliği, mensupları (öğrencileri, öğretim elemanları ve çalışanları) ve paydaşlarının hakları ile kurumsal ve bilimsel birikimi siyasi tartışmalara kurban edilmemelidir.
Üniversitemize yönelik baskı, müdahale ve siyasi tartışmaların eğitim, öğretim ve araştırma faaliyetlerini kesintiye uğratmasından, devam eden hukuki süreçleri etkilemesinden derin bir kaygı duymaktayız."
Yükseköğretim Kurulu (YÖK) İstanbul Şehir Üniversitesinin faaliyet izninin geçici olarak durdurulması ve idaresinin garantör Marmara Üniversitesine devrine karar vermişti.