25 Mayıs 1904’te İstanbul Çemberlitaş’ta cinayet mahkemesi reisliğinden emekli büyük babası Mehmed Hilmi Efendi’nin konağında doğdu. Babası Mekteb-i Hukuk mezunu ve bazı memuriyetlerde bulunmuş Abdülbâki Fâzıl Bey, annesi Mediha Hanım’dır. Baba tarafından Maraşlı olan Kısakürekoğulları ailesinin kökü Dulkadıroğulları’na dayanmaktadır. Asıl adı Ahmed Necip olan Necip Fazıl okuma yazmayı büyük babasından öğrendi.
Çeşitli okullarda kesintili ve düzensiz bir öğrenim hayatı geçirdi. Önce Gedikpaşa’da bir Fransız, sonra aynı yerde bir Amerikan mektebinde, Büyükdere Emin Efendi mahalle mektebinde, Büyük Reşid Paşa Numune, Vaniköy Rehber-i İttihad mekteplerinde okuduktan sonra Heybeliada Numune Mektebi’nden mezun oldu. Aynı yıl Heybeliada Bahriye Mektebi’ne kaydoldu. Burada da beş yıl okudu, ancak diploma alamadan ayrıldı.
1921’de İstanbul Dârülfünunu Felsefe Şubesi’ne yazıldı. Bu öğrenimini de tamamlayamadan kazandığı devlet bursu ile felsefe tahsili için Paris’e gitti. Fakat Paris’te de düzenli bir öğrenci olamadı, kısmen sanat çevrelerinde bulunduysa da kendini daha çok eğlenceye ve bohem hayatına verdi. Türkiye’ye dönüşünde İstanbul ve Anadolu’da bazı bankalarda memuriyet ve müfettişlik yaptı. Bir Fransız mektebinde, Ankara Devlet Konservatuvarı’nda, İstanbul Güzel Sanatlar Akademisi’nde ve Robert Kolej’de çeşitli dersler okuttu. Bu dönemde çeşitli dergilerde yazı ve şiirleri yayınlandı, 1925 yılında ilk şiir kitabı yayınlandı.
1934 yılında Abdulhakim Arvasi ile tanışmasının ardından İslam dinine ve tasavvufa yöneldi. Hayatına ve edebi kişiliğine bundan sonra dini düşünceler egemen olmaya başlayacaktı. İlerleyen süreçte yazıları sebebiyle bazı dönemler hapis yattı ve hukuki süreçlerle karşı karşıya kaldı. 1943'ün ardından eserlerindeki İslami söylem daha ön plana çıkmaya başladı.
Bu arada felsefe öğrenciliğinden beri girmiş olduğu basın çevresini daha çekici ve eser vermeye daha uygun bir ortam olarak gördüğünden 1942’den itibaren memuriyetlerini bırakıp geçimini yazılarından ve yayıncılıktan sağlayamaya başladı. Son yıllarına kadar Büyük Doğu dergisinin ve Büyük Doğu yayınlarının sahibi ve yazarı olduğu gibi bazı günlük gazetelerde fıkra ve makaleleri de yayımlanmaktaydı. Hemen tamamı Büyük Doğu’da olmak üzere kullandığı takma adları Ne-Fe-Ka, Hi-Ab-Kö, Ha-A-Ka, Adı Değmez, Neslihan Kısakürek, Ahmed Abdülbaki, Prof. Ş.Ü., Bankacı, Be-De, Ozan, Ozanbaşı’dır.
Uzun süren fikir ve sanat hayatı boyunca birçok şey hapsedildi. Siyasi suçlamalara maruz kaldı. Buna karşın eser vermeyi ve çalışmalarını sürdürdü.
Necip Fazıl Kısakürek, 25 Mayıs 1983’te Erenköy’deki evinde yaşamını yitirdi. Büyük bir cenaze töreninin ardından Eyüp sırtlarındaki kabristana defnedildi.