12 Ocak 1905’te İstanbul Kadıköy’de doğan Atsız, baba tarafından Gümüşhane’ye bağlı Torul kazasının Midi köyündeki Çiftçioğulları ailesine, anne tarafından ise Trabzon’un Kadıoğulları ailesine mensuptur.
Hüseyin Nihal Atsız, ilk ve orta öğrenimini Kadıköy’deki Fransız ve Alman Mektebi’nde, Kadıköy ve İstanbul Sultanisi’nde yapmıştır. Lisenin onuncu sınıfındayken sınavı kazanarak 1922 yılında Askeri Tıbbiye’ye girmiştir.
Buradan çıkarılınca Kabataş Lisesi’nde üç ay yardımcı öğretmenlik, sonrasında ise Deniz Yolları’na bağlı bir Vapur’da katip yardımcısı olarak çalışmıştır. İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi’nin “Yüksek Muallim Mektebi”ne girdikten bir hafta sonra askere alınmıştır. İstanbul’da askerliğini yaptıktan sonra yeniden okuluna dönmüş ve mezun olup aynı bölümde asistan olarak kalmıştır.
1931 yılında felsefe bölümünde okuyan Mehpare Hanım ile evlenmiş; fakat 1935’te ayrılmıştır. Bu dönemden sonra aylık yayımlanan “Atsız Mecmua”yı çıkarmaya başlamıştır. Çıkardığı dergilerin çoğu, bir süre sonra mahkeme kararları ile kapatılmıştır. Atsız, bir dönem Milli Eğitim Bakanlığı da yapan Reşit Galib’in Prof. Dr. Zeki Velidi Togan’ı ağır bir dille eleştirmesi üzerine, aralarında Pertev Naili Boratav’ın da bulunduğu sekiz arkadaşıyla birlikte “Zeki Velidi’nin öğrencisi olmakta iftihar ederiz.” diyen bir protesto telgrafı çekmiştir.
13 Mart 1933 tarihinde onu görevden uzaklaşıltırmıştır. Üniversite görevinden uzaklaştırıldıktan sonra, üç ay Malatya Ortaokulu’nda Türkçe öğretmeni olarak; dört ay Edirne Lisesi’nde edebiyat öğretmeni olarak çalışmıştır.
“Atsız Mecmua”nın devamı niteliğinde olan “Orhun” dergisini çıkarmaya başlamıştır. Bu dergideki eleştirileri üzerine 1933’te bakanlık emrine alınmış, Orhun dergisi de kapatılmıştır. Dokuz ay bakanlık emrinde kalan Atsız, 1934 tarihinde Kasımpaşa’daki Deniz Gedikli Hazırlama Okulu’na Türkçe öğretmeni olarak atanmıştır.
1936 yılında ikinci eşi olan Bedriye Hanım ile evlenmiş ve bu evlilikten Yağmur (1939) ve Buğra (1946) adlı iki çocuğu olmuştur. Kasımpaşa’daki Türkçe öğretmenliği görevinden alınan Atsız, daha sonra Özel Yüce-Ülkü Lisesi’nde ve Boğaziçi Lisesi’nde edebiyat öğretmenliği yapmıştır. Bu dönemde Orhun dergisini yeniden çıkarmaya başlamıştır. Ülkede yayılan sol dalganın verdiği rahatsızlıkla, dönemin Başbakanı Şükrü Saraçoğlu’na iki tane açık mektup yazmış ve özellikle "Milli Eğitim’e sızan marksist düşünceleri" dile getirmiştir.
Popülaritesinin artması üzerine, dönemin Milli Eğitim Bakanı Hasan Ali Yücel tarafından görevine son verilmiş, Orhun dergisi de kapatılmıştır. İzleyen süreçte mektubunda “vatan haini” dediği Sabahattin Ali tarafından kendisine dava açılmıştır. İkinci oturumu 3 Mayıs 1944’te yapılan davanın sonucunda Atsız 6 ay hapse mahkum edilmiş, bu ceza sonradan ertelenmiştir. Sonrasında açılan davada aldığı 6,5 yıllık ceza ise temyiz yoluyla bozulmuştur.
Bir dönem kendisine iş verilmeyen Atsız, sınıf arkadaşı Tahsin Banguoğlu’nun Milli Eğitim Bakanı olmasıyla birlikte 1949’da Süleymaniye Kütüphanesi’nde göreve başlamıştır.
Kütüphane’de bir süre çalıştıktan sonra, Ankara Atatürk Lisesi’ne edebiyat öğretmeni olarak atanmıştır. Fakat buradaki bir konuşması, davalık olmuş; fakat mahkeme konuşmanın bilimsel olduğu kararına varmıştır. Bu karar üzerine Atsız, yeniden Süleymaniye Kütüphanesi’ndeki görevine gönderilmiştir. 1953 yılından 1969 yılına kadar Süleymaniye Kütüphanesi’nde çalışan Atsız’ın en uzun memuriyeti bu dönem olmuştur. 1962’de “Türkçüler Derneği”ni kurmuş ve ölümüne kadar Ötüken dergisini çıkarmıştır.
Özellikle Doğu’daki sol oluşumlarla ilgili yazılar yazmış, sonrasında sistemli girişimlerle Atsız yeniden mahkemelik olmuştur. 15 ay hapis cezası almış ve cezası Cumhurbaşkanı Fahri Korutürk tarafından affedilmiştir. 2,5 ay kadar cezaevinde kalan Atsız, 10 Aralık 1975’te kalp krizi geçirmiş, fakat doktor onun kalp hastası olduğunu anlayamamıştır. 11 Aralık 1975’te geçirdiği ikinci kalp krizi sonucu yaşamını yitirmiştir.