Günümüzde Müslümanların azınlık durumunda olduğu 2 milyon nüfuslu ülkede yaklaşık 800 bin Müslüman yaşıyor.
İslamiyet Makedonya’ya 14’üncü yüzyılın ortalarında ulaştı. Osmanlı’nın fetihleriyle Makedonya’da Müslüman nüfus artarken, 1389 yılındaki Birinci Kosova Savaşı’nda Haçlı ittifakı mağlup edildi ve bölge tamamen Müslümanların kontrolüne girdi.
Osmanlı Devleti’nin egemenliği altında Makedonya topraklarının İslamlaşma süreci tamamlandı. Gerek yerel halktan Müslüman olanlar gerekse bölgeye göçen Türkler eliyle Makedonya’da İslam yayıldı. İslami eğitim faaliyetleri hızlanırken çok sayıda cami, vakıf ve İslami kurum inşa edildi.
4 asır boyunca Müslüman toprağı olarak kalan Makedonya 19’uncu yüzyılın sonunda Batı ve Rusya destekli Hristiyan Balkan uluslarınca hedef alındı. İlk olarak parçalanan bölge daha sonra işgal edildi. Bölgede yaşayan Müslümanlar toplu soykırımlara maruz bırakıldı ve bölgeyi terk etmeye zorlandı.
İlerleyen yıllarda Makedonya farklı güçlerin egemenliği altında kalsa da Müslümanlara yönelik baskılar sürdü. Makedonya 1991 yılında bağımsızlığını ilan ederken, ülkede azınlık olarak kalan Müslüman nüfusa yönelik baskı politikaları ise halen devam ediyor.
