200 milyonluk bir nüfusa sahip olan ülkede yaklaşık 100 milyon Müslüman yaşıyor.
İslamiyet Nijerya’nın sahil kesimine ilk olarak 9’uncu, iç kesimlerine ise 11’inci yüzyılda ulaştı. Bu yıllarda daha çok tüccarlar ve seyyahlar eliyle yayılan İslam, 14’üncü yüzyılla beraber Batı Afrika’daki çeşitli Müslüman sultanlıkların etkisiyle daha geniş bir yayılma alanı buldu. Bölgede Müslüman nüfus artış gösterdi.
Nijerya’nın kuzeyinde İslamiyet’in hakimiyetinin pekişmesi ise 1800’lerin başına rastladı. Bu dönemde bir cihat hareketi başlatan Osman bin Fûdi’nin kurduğu Sokoto Devleti büyük bir güç elde etti ve İslamiyet’i yaydı. Yaklaşık 100 yıl boyunca süren bu mücadele Nijerya tarihinde önemli yer bir yer tuttu.
16’ncı yüzyıldan itibaren Batılı sömürgecilerin saldırılarına maruz kalan Nijerya’da 19’uncu yüzyılda İngiliz işgali başladı. Sokoto Devleti bu işgale karşı mücadele etse de 1903 yılında yenildi ve Nijerya’nın tamamına İngilizler egemen oldu. 1960 yılında bağımsız olmasına rağmen Nijerya’da İngiliz etkisi sürdü.
Geniş iktisadi kaynakları sömürülen Nijerya’da Müslüman halk çeşitli ihlallere maruz kalıyor. Ülkenin kuzeyindeki bazı bölgelerde İslam hukuku uygulansa da Hıristiyan ağırlıklı Batı destekli rejimin baskıları sürüyor. Nijerya’da İran da Şiileştirme faaliyetlerinde bulunarak etkinliğini artırmaya çalışıyor.